O sistema de controle permite que todos os outros sistemas trabalhem dentro dos parâmetros desejados, sendo responsável pelo envio, leitura e controle dos mais diversos parâmetros dos equipamentos que compõem a fonte. É uma rede de comunicação que interliga todos os sistemas e equipamentos e disponibiliza controle e parâmetros aos programas de alto nível que controlam a operação da fonte com em torno de oito mil pontos de controle, com cerca de duas mil interfaces microprocessadas ligadas a cerca de 400 computadores.

É um sistema complexo e entre os grandes desafios associados a esse sistema está a obtenção tempos de resposta de poucos microssegundos nos diversos subsistemas, dentro do necessário para uma operação estável e confiável dos aceleradores, o que implica em sistemas de comunicação rápidos e sem os gargalos admissíveis em sistemas de comunicação digital convencionais. O sistema de controle será desenvolvido e implementado com o uso do ambiente de programação e desenvolvimento EPICS (Experimental Physics and Industrial Control System), padrão de sistemas de controle utilizado em vários outros laboratórios.