CONTATO & EQUIPE
Para mais informações sobre a linha de luz, entre em contato.
A linha MX2 é uma estação experimental dedicada à Cristalografia de Macromoléculas operando na faixa de raios X duros (5 a 15 keV) com fluxo máximo em 8.5 keV. A estação está disponível para coleta de dados convencional em um único comprimento de onda e também para experimentos de Difração Anômala em um ou vários comprimentos de onda (SAD/MAD).
A linha MX2 opera em um ondulador (wiggler) de 2.0T com 30 polos, e o esquema ótico inclui um espelho colimador, monocromador de dois cristais de Si-111 e um espelho toroidal. A linha está equipada com um detector PILATUS 2M da Dectris.
Os projetos de pesquisa desenvolvidos na linha MX2 podem fornecer informações precisas sobre a constituição atômica e forma de macromoléculas, tais como enzimas e proteínas de membrana, componentes essenciais da vida dentro e fora de células. Estas informações podem levar a uma maior compreensão dos processos mediados por estas biomoléculas, e consequentemente, ao desenvolvimento de medicamentos novos e mais eficientes, assim como cosméticos, biocombstíveis e biomateriais inovadores.
Começando por um cristal de proteínas, os pesquisadores podem obter informações sobre a forma tridimensional destas proteínas, e também realizar estudos de triagem de ligantes. Nestes estudos, os detalhes atômicos das pequenas moléculas que interagem com as proteínas em estudo podem levar ao desenvolvimento de inibidores que podem gerar novos tipos de medicamentos ou catalisadores. Isto ocorre pois estes estudos podem revelar os mecanismos detalhados das interações entre enzimas e substratos, sugerindo rotas de melhoramento ou inibição das reações, podendo guiar o desenvolvimento de novos produtos por pesquisadores das áreas de química sintética ou de produtos naturais.
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The following experimental techniques and setups are available to users in this beamline. To learn more about the techniques’ limitations and requirements (sample, environment, etc.) contact the beamline coordinator before submitting your proposal.
The station is available for conventional single wavelength data collection as well as for Single and Multiple-wavelength Anomalous Diffraction (SAD/MAD) experiments.
Recent publications using this setup:
| Element | Type | Position [m] | Description |
|---|---|---|---|
| SOURCE | Insertion Device | 0.00 | Insertion Device W01A, 2.0 T hybrid 30-pole Wiggler, 22 mm minimal gap |
| M1 | Cylindrical Vertical Collimating Mirror | 11.00 | Rh coated ULE glass, θ=4 mrad |
| Mono | Double Crystal Monochromator | 14.26 | Water-cooled Si(111) |
| M2 | Toroidal Horizontal and Vertical Focusing Mirror | 16.00 | Rh coated silicon, θ=4 mrad, mechanical bender |
| Parameter | Value | Condition |
|---|---|---|
| Energy range [keV] | 5-15 | Si(111) |
| Energy resolution [E/E] | 10-4 | Si(111) |
| Beam size at sample [µm2, FWHM] | 150 x 500 | at 8.5 keV |
| Beam divergence at sample [mrad2, FWHM] | 3 | at 8.5 keV |
| Flux density at sample [ph/s/mm2] | 1011 | at 8.5 keV |
| Instrument | Type | Model | Manufacturer | Specifications |
|---|---|---|---|---|
| Detector | Area | PILATUS2M | 172 µm pixel, 1475 x 1679 pixel, 30 kHz frame rate | Dectris |
| Diffractometer | Data collection | MarDTB | Phi and theta rotations. Ionizations chambers, slits, shutter and sample holding. Detector translation range 100 to 350 mm. | Rayonics |
| Cryostats | Nitrogen | Cryojet XL | Sample cooling at 100 Kelvin. | Oxford |
| Detector | Fluorescence | X-123SDD | Si drift diode (SDD). Energy resolution 125 to 140 eV FWHM at 5.9 KeV. Maximum count rate 4 x 106 s-1 Channels number 8. Communication via Ethernet | Amptek |
O controle ótico é atualmente feito utilizando o sistema EPICS (Experimental Physics and Industrial Control System), rodando num sistema de controle PXI da National Instruments. O controle dos experimentos e coleta de dados com o detector Pilatus 2M (Dectris) é feito via uma estação RedHat rodando o programa MXCube, baseado na linguagem Python. MXCube é produto de uma colaboração internacional para a criação e desenvolvimento de uma interface gráfica para linhas de luz de cristalografia de macromoléculas (Gabadinho, J.et al.,2010, J. Synchrotron Rad. 17, 700-707). Melhorias como um goniômetro mini-kappa e um robô para a aquisição de dados em placas de cristalização estão em andamento.
Existem também duas maquinas rodando RedHat para acesso a uma maquina virtual com os seguintes aplicativos para tratamento de dados: iMOSFLM (v1.0.5); HKL2000* (v0.98.695B); CCP4 PACKAGE; SHELX; HKL2MAP (v0.2); PHENIX (v1.7); CNS; COOT; PYMOL; SHARP.
Informações adicionais podem ser encontradas nos links abaixo:
* O pacote HKL-2000, disponível na linha de luz é disponibilizado pelos autores para uso em pesquisa sem fins comerciais. O uso do aplicativo deve ser citado como: Z. Otwinowski and W. Minor “Processing of X-ray Diffraction Data Collected in Oscillation Mode”, Methods in Enzymology, Volume 276: Macromolecular Crystallography, part A, p. 307-326, 1997, C.W. Carter, Jr. and R.M. Sweet, Eds., Academic Press.
Pesquisadores realizando projetos sem fins comerciais podem utilizar o programa livremente, para analise e tratamento de dados na linha de luz. Pesquisadores que desejem utilizar o programa para analise de dados coletados no LNLS com fins comerciais devem possuir a licença apropriada. Esta licença pode ser obtida da HKL Reseach Inc. O desenvolvimento do pacote HKL-2000 é apoiado pelo projeto GM-53163 cedido pelo NIH (National Institutes of Health) para os Drs. Zbyszek Otwinowski (Southwester Medical Center at Dallas) e Wladek Minor (University of Virginia).
Usuários devem declarar a utilização das instalações do LNLS em qualquer publicação, como artigos, apresentações em conferências, tese ou qualquer outro material publicado que utilize dados obtidos na realização de sua proposta.
GUIMARÃES, B. G.; SANFELICI, L.; NEUENSCHWANDER, R. T.; RODRIGUES, FL.; GRIZOLLI, W. C.; RAULIK, M. A.; PITON, J. R.; MEYER, B. C.; NASCIMENTO, A. S.; POLIKARPOV, I. The MX2 macromolecular crystallography beamline: a wiggler X-ray source at the LNLS. Journal of Synchrotron Radiation, 16: 69-75 (2009). doi:10.1107/S0909049508034870.
The Brazilian Synchrotron Light Laboratory [Laboratório Nacional de Luz Síncrotron (LNLS), Campinas, SP, Brazil] is the first commissioned synchrotron light source in the southern hemisphere. The first wiggler macromolecular crystallography beamline (MX2) at the LNLS has been recently constructed and brought into operation. Here the technical design, experimental set-up, parameters of the beamline and the first experimental results obtained at MX2 are described. The beamline operates on a 2.0 T hybrid 30-pole wiggler, and its optical layout includes collimating mirror, Si(111) double-crystal monochromator and toroidal bendable mirror. The measured flux density at the sample position at 8.7 eV reaches 4.8 x 10^{11} photons s^{-1} mm^{-2} (100 mA)^{-1}. The beamline is equipped with a MarResearch Desktop Beamline Goniostat (MarDTB) and 3 x 3 MarMosaic225 CCD detector, and is controlled by a customized version of the Blu-Ice software. A description of the first X-ray diffraction data sets collected at the MX2 LNLS beamline and used for macromolecular crystal structure solution is also provided.
Abaixo está disponível a lista de artigos científicos produzidos com dados obtidos nas instalações desta Linha de Luz e publicados em periódicos indexados pela base de dados Web of Science.
Cabral, L. ;Persinoti, G. F.;Paixão, D. A. A.;Martins, M. P. ;Morais, M. A. B.de ;Chinaglia, M.;Domingues, M. N.;Sforça, M. L.;Pirolla, R. A. S. ;Generoso, W. C.;Santos, C. A.;Maciel, L. F. ;Terrapon, N. ;Lombard, V. ;Henrissat, B.;Murakami, M. T.. Gut microbiome of the largest living rodent harbors unprecedented enzymatic systems to degrade plant polysaccharides, Nature Communications, v.13, n.1, p.629, 2022. DOI:10.1038/s41467-022-28310-y
Wegermann, C. A. ;Monzani, E. ;Casella, L. ;Ribeiro, M. A.;Bruzeguini, C. E. T. ;Vilcachagua, J. D. ;Costa, L. A. S. ;Ferreira, A. M. da C.. Unveiling geometrical isomers and tautomers of isatin-hydrazones by NMR spectroscopy, Journal of Molecular Structure, v.1250, n.2, p.131633, 2022. DOI:10.1016/j.molstruc.2021.131633
Fontana, L. A.;Rigolin, V. H.;Ribeiro, M. A.;Barros, W. P.;Megiatto Jr., J. D.. A synthetic tactic to substitute axial ligands in sterically demanding Ru(II)porphyrinates, Dalton Transactions, v.51, p. 9971-9977, 2022. DOI:10.1039/d2dt01095j
Liberato, M. V.;Ramos, B. M. C.;Tomazetto, G.;Crouch, L. I.;Silva, W. J. G. da ;Zeri, A. C. de M.;Bolam, D. N. ;Squina, F. M.. Unique properties of a Dictyostelium discoideum carbohydrate-binding module expand our understanding of CBM–ligand interactions, Journal of Biological Chemistry, v.298, n.5, p.101891, 2022. DOI:10.1016/j.jbc.2022.101891
Cornejo, H. E. L. ;Cenens, W. ;Favaro, D. C.;Sgro, G. G. ;Salinas, R. K.;Guzzo, C. R.;Farah, C. S.. The PilB-PilZ-FimX regulatory complex of the Type IV pilus from Xanthomonas citri, PLoS Pathogens, v.17, n.8, p.e1009808, 2022. DOI:10.1371/journal.ppat.1009808
Gismene, C. ;Hernández González, J. E. ;Santisteban, A. R. N. ;Nascimento, A. F. Z.;Cunha, L. dos S. ;Moraes, F. R. de;Oliveira, C. L. P.;Oliveira, C. C. ;Provazzi, P. J. S. ;Pascutti, P. G.;Arni, R. K.;Mariutti, R. B.. Staphylococcus aureus Exfoliative Toxin E, Oligomeric State and Flip of P186: Implications for Its Action Mechanism, International Journal of Molecular Sciences, v.23, n.17, p.9857, 2022. DOI:10.3390/ijms23179857
Moura, G. T. de; Souza, A. A. ; Garay, A. V.; Freitas, S. M.; Valadares, N. F.. Crystal structure and physicochemical characterization of a phytocystatin from Humulus lupulus: Insights into its domain-swapped dimer, BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-PROTEINS AND PROTEOMICS, v.1869, n.1,p. 140541, 2021. DOI:10.1016/j.bbapap.2020.140541
Português:
Estação experimental da linha MX2. Da esquerda para a direita: fendas, goniômetro e detector.
English:
MX2 experimental station. From left to right: slits, goniometer and detector.
Português:
Detalhe do goniômetro, beam stopper e cryojet da Linha de Luz MX2.
English:
Details of the goniometer, beam stopper at cryojet at the MX2 beamline.
Português:
Goniômetro e posicionador magnetico de amostras (a ser substituído por um posicionador mini-kappa).
English:
Goniometer and magnetic sample holder (to be replaced by a mini-kappa goniometer).
Português:
Estação experimental da linha MX2 com detector Pilatus2M montado sobre a mesa marDTB.
English:
Experimental station of the MX2 beamline, with Pilatus2M detector mounted over a marDTB bench.
Português:
Goniômetro, Cryojet e Detector Pilatus2M na Linha de Luz MX2.
English:
Goniometer, Cryojet and Pilatus2M Detector at the MX2 beamline.
Português:
Detector Pilatus 2M e mesa de translação.
English:
Pilatus 2M detector and translation table.
Português:
Visão do conjunto experimental, da esquerda para a direita: goniometro, Cryojet, braço robotico (em instalação) e detector Pilatus 2M.
English:
View of experimental setup, from left to right: goniometer, Cryojet, robotic arm (under commissioning) and Pilatus 2M detector.
Português:
Microscópio ótico para seleção de cristais.
English:
Optical microscope for crystal selection.
Português:
Área de controle da estação experimental da Linha de Luz MX2.
English:
Control area of the experimental stations of the MX2 beamline.
Português:
Interface para coleta de dados na Linha de Luz MX2.
English:
Interface for data collection at the MX2 beamline.