CONTATO & EQUIPE
Para mais informações sobre a linha de luz, entre em contato.
A linha de luz de microtomografia por raios X (IMX) coleta a radiação síncrotron emitida pelo imã de dipolo D6 de campo magnético de 1,67 T e raio de curvatura de 2,736 m. Esta linha foi projetada para operar com feixe branco ou monocromático. No caso monocromático o monocromador, localizado a 12 m de distância da fonte, possui dois tipos de cristais, são eles: o Si(111) e par de cristais multicamadas de Ru/B4C. Com isto a energia disponível após o monocromador é de 4 keV a 14 keV. No caso de feixe branco, o monocromador é removido do caminho do feixe, proporcionando ao usuário a opção de utilizar um feixe branco cujo espectro de energia abrange desde 5 keV a 20 keV.
Na entrada da linha de luz, o feixe branco é condicionado por fendas, garantindo que o feixe tenha um tamanho e formato adequados. Em seguida, o feixe atravessa uma janela de Berílio (com 125 µm de espessura) resfriada por água na entrada da câmara que abriga o monocromador. Na sequência, ele atravessa uma nova janela de Berílio já na saída da câmara do monocromador e que também separa um pequeno trecho já sem vácuo do alto vácuo da câmara. Em frente a essa segunda janela está montado um obturador que controla o tempo de incidência do feixe na amostra. O feixe passa por um caminho de vácuo, selado por janelas de Kapton (espessura de 25 µm) evitando assim a atenuação do feixe. Para melhor controle da energia do feixe branco um sistema de filtros composto por três filtros de 350 µm e um de 200 µm de espessura de Silício (Si) altamente polidos e controlados remotamente pelo usuário da linha. Esses filtros auxiliam na medição de amostras muito densas que absorvem os raios X ou para amostras muito frágeis, pois bloqueiam a passagem do espectro de mais baixa energia. Por fim, mais um último sistema de fendas faz o condicionamento, com alta precisão, do tamanho e formato do feixe antes do contato com a amostra.
Os estágios para posicionamento e rotação da amostra ficam localizados alguns centímetros após o sistema de fendas. Dois estágios de translação, perpendiculares e com precisão de 0,1 µm, permitem a movimentação da amostra no plano vertical. Essa movimentação permite um elevado controle no posicionamento da amostra permitindo selecionar a região de interesse da amostra. Um estágio de rotação, com alto grau de reprodutibilidade, composto por mancais aerostáticos permite a rotação da amostra em frente ao feixe. Acima deste estágio encontram-se outros dois estágios translacionais de alta precisão, montados de forma transversa. Eles permitem o alinhamento da amostra no eixo de rotação do estágio rotacional. Por fim, um porta amostras com fixação magnética permite um fácil e seguro encaixe das amostras.
Depois de passar pela amostra, os raios X passam por um vidro de carbono e então incidem sobre um cintilador, o qual transforma a radiação incidente em luz visível. Atrás do cintilador existe um espelho inclinado a 45º que reflete a luz vinda gerado no cintilador para uma objetiva. Desta forma, a imagem pode ser magnificada e focalizada sobre um detector (câmera CCD). A objetiva é montada em um estágio de translação que permite a focalização remota da imagem. Este sistema compõe um microscópio que junto com a câmera estão sobre dois estágios, também de translação, que permitem o ajuste na distância amostra detector até máximo de 300 mm e uma variação na altura em relação a amostra (necessária para a optimização do sistema de detecção).
A linha IMX também possui um sistema automático de troca de amostras, o qual permite ao usuário a criação de uma fila de medições, melhorando a eficiência e automatização da linha. Esse sistema utiliza um robô Mitsubishi RV-2F-D1 (Controlador CR750-D) para realização da troca das amostras. Sensores foram adicionados a bandeja de amostras para dar feedback ao sistema sobre a existência ou não de amostras na posição desejada, evitando problemas no processo de construção da fila e também na movimentação do manipulador.
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As técnicas e configurações experimentais a seguir estão disponíveis nesta linha de luz. Para saber mais sobre as limitações e requerimentos das técnicas, contate o coordenador da linha de luz antes de submeter sua proposta.
Tomography is a non-invasive imaging technique that allows to examine slices of a sample without damaging it. While radiography provides an image from a single orientation of the sample, tomography provides many images of the sample from different orientations, resulting in a set of projections or sinograms. Essentially, each sinogram column corresponds to the X-ray projection at one angle. This data can then be reconstructed by basically solving the inverse Radon transformation.
In our case, filtered back projection is used to reconstruct 3D images from a series of 2D projections. The projection values are smeared back across the 2D projections and integrated across all angles. To reduce blurring effects, the images are filtered in Fourier space before being back projected.
Similar to tomography, this method involves placing the detector some distance from the sample, so that the radiation refracted from the sample can interfere with the unchanged beam. Given the high degree of coherence available in synchrotron radiation, interference patterns or Fresnel fringes can be observed some distance away from the sample. Using this technique allows us to enhance the contrast observed in absorption images or separate entirely the phase (phase retrieval) and attenuation components. This method is particularly useful when investigating light materials or biological samples or even composites made from similar materials.
This technique is based on the Talbot effect, which is a Fresnel diffraction effect and leads to repetition of a periodic wavefront after a certain propagation distance, called the Talbot length. By placing a phase grating behind the sample, the interference pattern of the Talbot effect is modified by absorption, refraction and scattering in the sample. This interference pattern can then be analysed using a second absorption grating, which transforms the local fringe position into signal intensity variation on the detector. Along with the conventional transmission image of a sample, it provides both a differential phase contrast and a dark field image of the sample, by stepping the phase grating over a single period. Applications range from medical imaging of soft tissues, to food screening and measuring short range order in mesoscale systems.
| Elemento | Tipo | Posição [m] | Descrição |
|---|---|---|---|
| Fonte | Dipolo de Curvatura | Dipolo de Curvatura D06 saída B (15°), 1.67 T , 391 µm x 97 µm | |
| Janela | Janela de Berílio | – | PF1 125 µm de espessura |
| Mono | Monocromador Duplo de Multicamadas | 12 | Camadas de Ru/B4C com resfriamento a água |
| Mono | Monocromador de Duplo Cristais | 12 | Cristais de Si(111) com resfriamento a água |
| Janela | Janela de Berílio | – | PF1 125 µm de espessura |
| Filtros | Xia Filter | 22 | Si(111) 200 µm, 350 µm |
| Parâmetro | Valor | Condição |
|---|---|---|
| Faixa de Energia [keV] | 5 – 20 | Feixe Rosa |
| Faixa de Energia [keV] | 5 – 14 | Feixe Monocromático (Si(111) DCM / Multilayer DMM) |
| Resolução de Energia [ΔE/E] | 1.3 x 10-4 | Si(111) |
| Resolução de Energia [ΔE/E] | 1.4 x 10-2 | Ru/B4C ML |
| Tamanho do feixe na amostra [mm2, FWHM] | 13 x 10 | Feixe Rosa |
| Tamanho do feixe na amostra [mm2, FWHM] | 13 x 4 | Feixo Monocromático (Si(111)/ML a 8keV) |
| Divergência do feixe na amostra [mrad2, FWHM] | 1 x 0.1 | at 8 keV |
| Densidade de Fluxo na amostra [ph/s/mm2] | 8.61 x 1013 | Feixe Rosa (100mA) |
| Densidade de Fluxo na amostra [ph/s/mm2] | 1.22 x 1010 | ML a 8 keV |
| Densidade de Fluxo na amostra [ph/s/mm2] | 1.84 x 108 | Si(111) a 8 keV |
| Instrumento | Tipo | Modelo | Fabricante | Especificações |
|---|---|---|---|---|
| Detector | Área | PCO.2000 | 7.4 µm pixel, 2048 x 2048 pixel, 14-bit CCD câmera | PCO |
| Microscópio | Óptico | Baixa dose (Feixe Mono) | Microscópio monocromático (objetivas de 2x, 10x) | Optique Peter |
| Microscópio | Óptico | Alta dose (Feixe Rosa) | Microscópio para feixe rosa (objetivas de 2x, 5x, 10x) | Optique Peter |
| Cintilador | Alto Fluxo | LuAg:Ce | φ10mm, 50µm, φ15mm, 5µm | Crytur |
A IMX utiliza uma placa de temporização PXI-6602 da National Instruments anexada ao um chassis PXI-1045 para monitorar contadores digitais e controlar os devices da linha durante o processo de escaneamento.
Um estágio de rotação UPR-160 da PiMicos é responsável pela rotação da amostra ao longo da rotação. Os pontos de escaneamento são calculados diretamente no Hydra SMC (controlador do estágio) utilizando como base os valores salvos em PV’s (oriundas de uma EPICS IOC do estágio). O controlador envia um feedback através de uma interface I/O quando o estágio atinge um dos pontos calculados, possibilitando uma sincronização via hardware entre os motores e os equipamentos de escaneamento. Uma interface feita em LabView e rodando em um computador com Windows controla a camêra pco.2000, atualmente o detector utilizado na IMX. A interface para usuário foi desenvolvida utilizando a biblioteca CS-Studio e está instalada em uma máquina com sistema operacional Linux Red Hat. O CS-Studio mantém em exibição os valores de diversas PVs e possui programado dentro dele diversos botões que acionam scripts feitos em Python, dando ao usuário total autonomia e facilidade no controle da linha.
Data visualization and analysis
A IMX usa o Avizo para visualização e análise científica dos dados 3D obtidos nas medições. Ele é um software que oferece diversas ferramentas para processamento, exploração e análises para imagens 3D. Mais informações disponíveis em: http://www.avizo3d.com/
Clique aqui para fazer o Download do Manual da Linha de Luz.
A IMX usa o Avizo para visualização e análise científica dos dados 3D obtidos nas medições. Ele é um software que oferece diversas ferramentas para processamento, exploração e análises para imagens 3D. Clique aqui para fazer o Download do Manual.
Outro programa que a IMX utiliza é o Fiji, uma distribuição do ImageJ que inclui muitos plugins úteis desenvolvidos pela comunidade. Especificamente utiliza-se o Trainable Weka Segmentation, que utiliza aprendizagem de máquinas para automatizar a segmentação das imagens. Clique aqui para fazer o Download do Manual.
Também é utilizado o Annotat3D, um software desenvolvido pelo Grupo de Computação Científica do CNPEM. Ele utiliza machine learning com uma técnica de superpixels/supervoxels para uma segmentação mais eficiente. Também utiliza o Deep Learning, para aprendizado supervisionado, com o objetivo de segmentar de uma série de imagens semelhantes. Clique aqui para fazer o Download do Manual.
Usuários devem declarar a utilização das instalações do LNLS em qualquer publicação, como artigos, apresentações em conferências, tese ou qualquer outro material publicado que utilize dados obtidos na realização de sua proposta.
Abaixo está disponível a lista de artigos científicos produzidos com dados obtidos nas instalações desta Linha de Luz e publicados em periódicos indexados pela base de dados Web of Science.
Ferreira, T. R.;Archilha, N.L.;Pires, L. F.. An analysis of three XCT-based methods to determine the intrinsic permeability of soil aggregates, Journal of Hydrology, v.612, p.128024, part A, 2022. DOI:10.1016/j.jhydrol.2022.128024
Avelino, T. M. ;García-Arévalo, M. ;Torres, F. R. ;Dias, M. N. G. ;Domingues, R. R.;Carvalho, M. de;Fonseca, M. de C.;Rodrigues, V. K. T. ;Paes Leme, A. F.;Figueira. A. C. M.. Mass spectrometry-based proteomics of 3D cell culture: A useful tool to validate culture of spheroids and organoids, SLAS Discovery, v.27, n.3, p.167-174, 2022. DOI:10.1016/j.slasd.2021.10.013
Novais, S. M. V.;Monteiro, T. de J.;Andrade, A. B.;Gomes, M. A.;Dias, C. S. B.;Valerio, M. E. G.;Macedo, Z. S.. Development of CdWO4-polystyrene scintillator composites for X-ray detection in imaging systems, Nuclear Instruments & Methods in Physics Research Section A-Accelerators Spectrometers Detectors and Associated Equipment, v.1025, p.166196, 2022. DOI:10.1016/j.nima.2021.166196
Silva, W. B. ;Leiva, D. R.;Floriano, R.;Vega, L. E. R. ;Oliveira, V. B.;Gallego, J. ;Figueroa, S. J. A.;Miqueles, E. X.;Silva, E. P. da ;Ishikawa, T. T.;Botta Filho, W. J.. Magnesium Alloys for Hydrogen Storage Processed by ECAP Followed by Low Temperature Rolling, Materials Research-Ibero-american Journal of Materials, v.25, p.e20210214, 2022. DOI:10.1590/1980-5373-MR-2021-0214
Rosso, D. F. ;Driemeier, C. E.;Negrão, D. R.. Unveiling the Variability and Multiscale Structure of Soybean Hulls for Biotechnological Valorization, Waste and Biomass Valorization, v.13, n.4, p.2095-2108, 2022. DOI:10.1007/s12649-021-01655-z
Paiva, K. ;Meneses, A. A. de M. ;Barcellos, R. ;Moura, M. S. dos S.;Mendes, G.;Silva, G. F. Q. da;Sena, G.;Colaço, G.;Silva, H. R. da ;Colaço, M. V. C.;Barroso, R. C.. Performance evaluation of segmentation methods for assessing the lens of the frog Thoropa miliaris from synchrotron-based phase-contrast micro-CT images, Physica Medica-European Journal of Medical Physics, v.94, p.43-52, 2022. DOI:10.1016/j.ejmp.2021.12.013
Longhi, M. A. ;Rodríguez, E. D.;Walkley, B.;Eckhard, D. ;Zhang, Z. ;Provis, J. L. ;Kirchheim, A. P.. Metakaolin-based geopolymers: Efflorescence and its effect on microstructure and mechanical properties, Ceramics International, v.48, n.2, p.2212-2229, 2022. DOI:10.1016/j.ceramint.2021.09.313
Português:
Usuários fazendo a segmentação das imagens obtidas.
English:
Users doing images segmentation.
Português:
Monocromador da linha IMX.
English:
Monochromator of IMX Beamline.
Português:
Sistema automático para troca de amostras.
English:
Automatic sample exchange system.
Português:
Cabana experimental.
English:
Experimental hutch.
Português:
Estágios para posicionamento da amostra com seis graus de liberdade
English:
Sample stage with six degrees of freedom.
Português:
Amostra e janela do detector
English:
Sample and detector window.
Português:
Estação de controle da linha.
English:
Beam line control station.
Português:
Vista panorâmica da linha IMX.
English:
Panoramic view of IMX Beamline.